Skip to main content
Back to top
Ctrl
+
K
Installation
How to
Genome Assembly
Types of Gap
Usage Principles
Tutorials
Before Start
Check inputs for Verkko
Running Verkko
Basics
Preprocessing and gap filling
Automatic Basic Preprocessing
How to Run Verkko Consensus Using a Fixed Path
Final touch to the assembly before polishing
Finding issues in consensus sequences
Recovering Telomere-to-Telomere Contigs
HiC
Viz HiC interactions
Polishing
Polishing the Final Assembly
API
Preprocessing :
pp
verkkofillet.pp.read_Verkko
verkkofillet.pp.readChr
verkkofillet.pp.readNode
verkkofillet.pp.readScfmap
verkkofillet.pp.writeFixedPaths
verkkofillet.pp.save_Verkko
verkkofillet.pp.load_Verkko
verkkofillet.pp.mkCNSdir
verkkofillet.pp.updateCNSdir_missingEdges
verkkofillet.pp.loadGiraffe
verkkofillet.pp.readGaf
verkkofillet.pp.getQV
verkkofillet.pp.find_intra_telo
verkkofillet.pp.find_reads_intra_telo
verkkofillet.pp.findGaps
verkkofillet.pp.searchSplit
verkkofillet.pp.searchNodes
verkkofillet.pp.highlight_nodes
verkkofillet.pp.fillGaps
verkkofillet.pp.estLoops
verkkofillet.pp.checkGapFilling
verkkofillet.pp.connectContigs
verkkofillet.pp.naming_contigs
verkkofillet.pp.find_multi_used_node
verkkofillet.pp.find_hic_support
verkkofillet.pp.deleteGap
verkkofillet.pp.impute_depth
verkkofillet.pp.calNodeDepth
verkkofillet.pp.detectBrokenContigs
verkkofillet.pp.get_NodeChr
Tools :
tl
verkkofillet.tl.graphIdx
verkkofillet.tl.graphAlign
verkkofillet.tl.mkMeryl
verkkofillet.tl.calQV
verkkofillet.tl.getT2T
verkkofillet.tl.rmrDNA
verkkofillet.tl.chrAssign
verkkofillet.tl.showPairwiseAlign
verkkofillet.tl.mapBetweenNodes
verkkofillet.tl.insertGap
verkkofillet.tl.sortContig
verkkofillet.tl.renameContig
verkkofillet.tl.detect_internal_telomere
verkkofillet.tl.runTrimming
verkkofillet.tl.flipContig
verkkofillet.tl.convertRefName
verkkofillet.tl.filterContigs
Plotting :
pl
verkkofillet.pl.completePlot
verkkofillet.pl.contigLenPlot
verkkofillet.pl.contigPlot
verkkofillet.pl.qvPlot
verkkofillet.pl.showMashmapOri
verkkofillet.pl.n50Plot
verkkofillet.pl.nodeMashmapBlockSize
verkkofillet.pl.percTel
verkkofillet.pl.plotHist_readOnNode
Ecosystem
Contributors
Release-notes
0.1.1
0.1.2
0.1.9
0.1.10
0.1.11
0.1.12
0.1.18
0.1.19
0.1.20
comming
soon!
0.1.20 APR 10 2026
0.1.22
0.1.23
0.1.24
0.1.25
Community
📣 News
References
.md
.pdf
Before Start
Before Start
#
Check inputs for Verkko
Running Verkko
