Skip to main content
Back to top
Ctrl
+
K
Installation
How to
Genome Assembly
Types of Gap
Usage Principles
Tutorials
Basics
Preprocessing and gap filling
Automatic Basic Preprocessing
How to Run Verkko Consensus Using a Fixed Path
Final touch to the assembly before polishing
Finding issues in consensus sequences
Recovering Telomere-to-Telomere Contigs
HiC
Viz HiC interactions
Polishing
Polishing the Final Assembly
API
Preprocessing :
pp
verkkofillet.pp.read_Verkko
verkkofillet.pp.readChr
verkkofillet.pp.readNode
verkkofillet.pp.readScfmap
verkkofillet.pp.writeFixedPaths
verkkofillet.pp.save_Verkko
verkkofillet.pp.load_Verkko
verkkofillet.pp.mkCNSdir
verkkofillet.pp.updateCNSdir_missingEdges
verkkofillet.pp.loadGiraffe
verkkofillet.pp.readGaf
verkkofillet.pp.getQV
verkkofillet.pp.find_intra_telo
verkkofillet.pp.find_reads_intra_telo
verkkofillet.pp.findGaps
verkkofillet.pp.searchSplit
verkkofillet.pp.searchNodes
verkkofillet.pp.highlight_nodes
verkkofillet.pp.fillGaps
verkkofillet.pp.estLoops
verkkofillet.pp.checkGapFilling
verkkofillet.pp.connectContigs
verkkofillet.pp.naming_contigs
verkkofillet.pp.find_multi_used_node
verkkofillet.pp.find_hic_support
verkkofillet.pp.deleteGap
verkkofillet.pp.impute_depth
verkkofillet.pp.calNodeDepth
verkkofillet.pp.detectBrokenContigs
verkkofillet.pp.get_NodeChr
Tools :
tl
verkkofillet.tl.graphIdx
verkkofillet.tl.graphAlign
verkkofillet.tl.mkMeryl
verkkofillet.tl.calQV
verkkofillet.tl.getT2T
verkkofillet.tl.rmrDNA
verkkofillet.tl.chrAssign
verkkofillet.tl.showPairwiseAlign
verkkofillet.tl.mapBetweenNodes
verkkofillet.tl.insertGap
verkkofillet.tl.sortContig
verkkofillet.tl.renameContig
verkkofillet.tl.detect_internal_telomere
verkkofillet.tl.runTrimming
verkkofillet.tl.flipContig
verkkofillet.tl.convertRefName
verkkofillet.tl.filterContigs
Plotting :
pl
verkkofillet.pl.completePlot
verkkofillet.pl.contigLenPlot
verkkofillet.pl.contigPlot
verkkofillet.pl.qvPlot
verkkofillet.pl.showMashmapOri
verkkofillet.pl.n50Plot
verkkofillet.pl.nodeMashmapBlockSize
verkkofillet.pl.percTel
verkkofillet.pl.plotHist_readOnNode
Ecosystem
Contributors
Release-notes
0.1.1
0.1.2
0.1.9
0.1.10
0.1.11
0.1.12
0.1.18
0.1.19
0.1.20
comming
soon!
0.1.20 APR 10 2026
0.1.22
0.1.23
0.1.24
Community
📣 News
References
.md
.pdf
References
References
#
.. bibliography:: references.bib :style: plain
