Index C | D | E | F | G | H | I | L | M | N | P | Q | R | S | U | V | W C calNodeDepth() (in module verkkofillet.pp) calQV() (in module verkkofillet.tl) checkGapFilling() (in module verkkofillet.pp) chrAssign() (in module verkkofillet.tl) completePlot() (in module verkkofillet.pl) connectContigs() (in module verkkofillet.pp) contigLenPlot() (in module verkkofillet.pl) contigPlot() (in module verkkofillet.pl) convertRefName() (in module verkkofillet.tl) D deleteGap() (in module verkkofillet.pp) detect_internal_telomere() (in module verkkofillet.tl) detectBrokenContigs() (in module verkkofillet.pp) E estLoops() (in module verkkofillet.pp) F fillGaps() (in module verkkofillet.pp) filterContigs() (in module verkkofillet.tl) find_hic_support() (in module verkkofillet.pp) find_intra_telo() (in module verkkofillet.pp) find_multi_used_node() (in module verkkofillet.pp) find_reads_intra_telo() (in module verkkofillet.pp) findGaps() (in module verkkofillet.pp) flipContig() (in module verkkofillet.tl) G get_NodeChr() (in module verkkofillet.pp) getQV() (in module verkkofillet.pp) getT2T() (in module verkkofillet.tl) graphAlign() (in module verkkofillet.tl) graphIdx() (in module verkkofillet.tl) H highlight_nodes() (in module verkkofillet.pp) I impute_depth() (in module verkkofillet.pp) insertGap() (in module verkkofillet.tl) L load_Verkko() (in module verkkofillet.pp) loadGiraffe() (in module verkkofillet.pp) M mapBetweenNodes() (in module verkkofillet.tl) mkCNSdir() (in module verkkofillet.pp) mkMeryl() (in module verkkofillet.tl) module verkkofillet.pl verkkofillet.pp verkkofillet.tl N n50Plot() (in module verkkofillet.pl) naming_contigs() (in module verkkofillet.pp) nodeMashmapBlockSize() (in module verkkofillet.pl) P percTel() (in module verkkofillet.pl) plotHist_readOnNode() (in module verkkofillet.pl) Q qvPlot() (in module verkkofillet.pl) R read_Verkko() (in module verkkofillet.pp) readChr() (in module verkkofillet.pp) readGaf() (in module verkkofillet.pp) readNode() (in module verkkofillet.pp) readScfmap() (in module verkkofillet.pp) renameContig() (in module verkkofillet.tl) rmrDNA() (in module verkkofillet.tl) runTrimming() (in module verkkofillet.tl) S save_Verkko() (in module verkkofillet.pp) searchNodes() (in module verkkofillet.pp) searchSplit() (in module verkkofillet.pp) showMashmapOri() (in module verkkofillet.pl) showPairwiseAlign() (in module verkkofillet.tl) sortContig() (in module verkkofillet.tl) U updateCNSdir_missingEdges() (in module verkkofillet.pp) V verkkofillet.pl module verkkofillet.pp module verkkofillet.tl module W writeFixedPaths() (in module verkkofillet.pp)
